目前，评估益生元的效果大多采用的指标有三个：对有益菌的增殖效果，对有害菌的抑制和潜在致病菌的非增殖效果，被肠道菌群代谢后的产酸量和产气量。
    增殖有益菌的效果
    研究证实，低聚异麦芽糖、低聚果糖、低聚半乳糖、低聚木糖等均对双歧杆菌有明显增殖作用。但各种低聚糖在被利用程度上有一定差异。其中，低聚半乳糖和低聚异麦芽糖同时能被各种双歧杆菌利用，且增殖率均较高。低聚果糖除对两歧双歧杆菌不增殖外，对其他4种双歧杆菌都有明显增殖作用。低聚木糖对大多数双歧杆菌的增殖性较差，只对青春双歧杆菌和长双歧杆菌有明显增殖作用。此外，低聚异麦芽糖、低聚半乳糖、低聚果糖、低聚木糖、大豆低聚糖等都表现出明显增殖乳酸杆菌的作用。其中，低聚半乳糖对乳酸杆菌的增殖率最大、增殖种类也最全面。
    抑制有害菌增殖的效果
    人体肠内的有害菌主要是梭菌。此外，还有一些潜在致病菌，如大肠杆菌、拟杆菌等。优秀的益生元不仅能够增殖有益菌，还能抑制有害菌的增殖。研究证实，低聚异麦芽糖对有害菌梭菌有明显的抑制作用，对潜在致病菌如肠杆菌、肠球菌也无增殖作用。与低聚异麦芽糖一样，低聚半乳糖、低聚果糖、低聚木糖对有害菌及兼性菌也具有很好的抑制作用。
    被肠道菌群的代谢情况
    益生元食用后可直达大肠，在结肠中被肠内菌群发酵为能源而利用，并产生短链脂肪酸（SCFA）和气体，主要是醋酸、丙酸、丁酸和乳酸，气体包括二氧化碳、氢气、甲烷等。
    产酸量：益生元被肠道菌群代谢后会生成大量有机酸，使肠道pH值降低，其中以低聚半乳糖、乳果糖的产酸量最大，菊粉的产酸量最小。
    产气量：益生元由于糖苷键和组成的差别，会被不同类型的产气菌利用，产生的气体有一定差别。研究证实，产气最少的要属低聚异麦芽糖和低聚半乳糖，低聚果糖产气较多，产气最多的是菊粉。（中国食品报）